有的区域为扭转发展不平衡状况，以整体推进战略实施为理由，提前大兴土木，多方集资筹资，造成了资源的浪费，占用了大量的建设资本，占用了大量的粮田，耕地锐减、粮食安全问题加剧，1997年至2003年的7年中，我国耕地减少1亿亩(666.7亿平方米)，到2003年底全国有6015个开发区，规划面积达到3.54万平方公里，而共和国建国54年来全国城镇建设用地的总面积仅为3.25万平方公里。国家每年进口粮食在500亿公斤以上，据粮食专家估计，到2010年我国将有2亿吨的粮食缺口，需要大量的外汇储备，即使有了足额的外汇，也不可能完全由国际市场来解决。这增加了大量的外汇储备和中间费用的开支，经济和社会效益并不突出，出现发展成本与效益的巨大反差。

有的区域以工业兴县和扩大就业为理由，大搞地方保护主义政策，以牺牲环境为代价，上马高污染、高能耗、低效益的工业项目，甚至把国外及东部地区淘汰了的工业机械设备以高价甩给西部，上当受骗、造成污染等，为今后治理环境遗留了高昂的环境治理成本。